NoiPA aumenta la sicurezza dei dati e delle operazioni dispositive. E' stata introdotta la Chiamata di Sicurezza, una nuova procedura di conferma delle operazioni che permette, a tutti gli Amministrati che accedono con Codice Fiscale e password, di proteggere ulteriormente i propri dati di profilo e stipendiali su NoiPA.
La Chiamata di Sicurezza infatti aggiunge la verifica dell'identità dell'utente, utilizzando il numero di telefono cellulare registrato su NoiPA.